Edificio singular, ubicado en un lugar geoestratégico desde el que se puede divisar toda el área del estuario de Urdaibai, fue construido en el siglo XV. En el siglo XVII se construyó el palacio adjunto para dar cabida a zonas residenciales.
La Torre del reloj data de 1851 y fue construida por un vecino de San Bartolomé con la intención de ceder su uso al pueblo de Busturia. En la actualidad la Torre Madariaga ha sido restaurada para acoger el Centro de Biodiversidad de Euskadi – Madariaga Dorretxea.